數碼顯微鏡進行創新教育，培養學生創造性思維，并引導學生進行研究性學習是目前教學的趨勢，這也是目前新課程教材增加了許多研究性實驗的原因。但是由于普通顯微鏡使用的特殊性和個體性，傳統的鏡下觀察使學生很難得到教師的有效指導，隨著數碼顯微鏡和數碼互動教室的引入和應用，使傳統的由教師個別地手把手地教學生用顯微鏡進行微觀形態觀察的教學方法，變為師生互動的、圖像共享的、率的教學體系。